Hal ini menjadi pengetuk serta dasar pemikiran bagi pengurus dan tokoh masyarakat untuk mendirikan sebuah lembaga lanjutan yang dekat dan mudah dijangkau yaitu madrasah tsanawiyah. Akhirnya atas prakarsa pengurus, tokoh masyarakat serta dukungan masyarakat pada hari Rabu tanggal 3 Juni tahun 2002 Madrasah Tsanawiyah Miftahul Huda resmi didirikan.
Walau masih terhitung baru banyak calon peserta didik yang mendaftar sehingga mencapai sekitar 30 orang. Karena keterbatasan sarana dan tenaga pendidik para peserta didik baru diajar dirumah bapak Hanafi sedangkan untuk tenaga pendidik menggunakan tenaga pendidik MI Miftahul Huda, keadaan ini berjalan sampai pada tahun 2003 dan di pertengahan tahun 2003 Madrasah Tsanawiyah Miftahul Huda sudah bisa memiliki gedung sendiri.
Dengan status madrasah masih Terdaftar pada tahun pelajaran 2004/2005 Madrasah Tsanawiyah Miftahul H uda bisa meluluskan peserta didik untuk pertama kalinya dengan ujian menggabung di MTsN Harjokuncaran. Hal ini semakin menambah semangat dan minat masyarakat untuk mensekolahkan anak-anak mereka di Madrasah Tsanawiyah Miftahul Huda.
Di awal tahun 2005 Madrasah Tsanawiyah Miftahul Huda menghadapi persoalan baru, agar terus eksis dalam pembelajaran maka diharuskan mengikuti akreditasi oleh badan akreditasi, padahal saat itu Madrasah Tsanawiyah Miftahul Huda masih jauh dari siap untuk diakreditasi seperti keterbatasan sarana prasarana serta tenaga pendidik dan tenaga kependidikan yang masih belum memadai.
Menghadapi akreditasi para pengurus, tenaga pendidik dibantu masyarakat bahu membahu melengkapi sarana prasana dan hal-hal lain yang harus ada. Pada akhirnya Alloh memberikan rahmad serta inayahnya pada tahun pelajaran 2005/2006 Madrasah Tsanawiyah Miftahul Huda bisa lulus Terakreditasi sehingga memungkinkan melaksanakan Ujian Nasional sediri tanpa harus menggabung.
Dengan berjalannya waktu Madrasah Tsanawiyah Miftahul Huda bisa mensejajarkan diri dengan madrasah-madrasah berkembang lain di KKM MTsN Harjokuncaran, hal ini dibuktikan dengan pengakuan pemerintah melalui pencapaian nilai akreditasi pada tahun 2013 dengan predikat baik (B), pencapaian ini menjadi tolak ukur dan semangat bagi semua pihak terkait untuk semakin menumbuhkembangkan Madrasah Tsanawiyah Miftahul Huda ke depan.